Niekedy sa pri programovaní obrábania môžete stretnúť so situáciou, keď sa skupina segmentov programu objaví viackrát v jednom programe alebo sa používa vo viacerých programoch. Túto skupinu segmentov programu môžeme extrahovať, pomenovať a uložiť samostatne; táto skupina programových segmentov sa nazýva podprogram. Podprogram je segment programu obrábania, ktorý možno vyvolať príslušnými inštrukciami riadenia obrábacieho stroja a vo všeobecnosti má počas obrábania nezávislý význam. Obrábací program obsahujúci inštrukciu na zavolanie podprogramu prvej-úrovne sa nazýva hlavný program. Inštrukcia na volanie podprogramu je tiež segmentom programu, ktorý sa vo všeobecnosti skladá z inštrukcie volania podprogramu, názvu podprogramu a počtu volaní. Špecifické pravidlá a formáty sa líšia v závislosti od systému. Napríklad pre rovnakú inštrukciu „zavolajte raz podprogram číslo 55“ systém FANUC používa „M98 P55.“, zatiaľ čo americký systém AB používa „P55x“.
Podprogramy môžu byť vnorené, teda jedna úroveň do druhej. Vzťah medzi hornou a dolnou úrovňou je rovnaký ako vzťah medzi hlavným programom a podprogramom prvej{1}}úrovne. Maximálny počet vnorených úrovní je určený konkrétnym CNC systémom. Forma a zloženie podprogramu sú do značnej miery rovnaké ako v hlavnom programe: prvý riadok je číslo (názov podprogramu) a posledný riadok je inštrukcia „koniec podprogramu“, medzi ktorými je telo podprogramu. Avšak pokyn ukončenia hlavného programu ukončí hlavný program a resetuje CNC systém; jeho pokyny sú štandardizované, pričom každý systém používa M02 alebo M30. Inštrukcia ukončenia podprogramu na druhej strane ukončí podprogram a vráti sa do hlavného programu alebo predchádzajúceho podprogramu. Jeho pokyny sa v rôznych systémoch líšia; napríklad systémy FANUC používajú M99, systémy Siemens používajú M17 a AB (americké A/B) systémy používajú M02.
